Se condujo un estudio descriptivo transversal en la Atención Primaria de Salud (APS) para evaluar el manejo clínico-epidemiológico del Síndrome Febril Inespecífico (SFI) en un escenario de brote de arbovirosis (octubre-noviembre de 2025) caracterizado por la alta transmisión y la restricción de recursos. El estudio incluyó 208 pacientes con SFI, con el objetivo de caracterizar las limitaciones en la confirmación diagnóstica y validar la utilidad del criterio clínico-epidemiológico. Los métodos revelaron que 47 pacientes (22.6%) no pudieron ser investigados serológicamente por la limitación de reactivo IgM. Adicionalmente, de los 161 pacientes con indicación, 108 (67.1%) se negaron a la toma de muestra, citando el dolor articular incapacitante (típico de Chikungunya) y la incredulidad sobre el impacto del resultado diagnóstico en su tratamiento. Solo 53 pacientes se realizaron la prueba, resultando 18 positivos (34.0%). El manejo del SFI en APS demostró ser seguro y resolutivo, fundamentado en el robustecimiento del nexo epidemiológico y el criterio clínico. Esta se consolidó como la estrategia esencial para la vigilancia y el control en un contexto donde las fallas en el suministro y el rechazo de los pacientes a la toma de muestra de IgM comprometen la confirmación laboratorial, limitando la capacidad de respuesta a la morbilidad de la comunidad.