La fiebre chikungunya, causada por el virus chikungunya (CHIKV), constituye un problema ser  de salud global con un significativo impacto en Cuba debido a su potencial epidémico y a la alta frecuencia de manifestaciones articulares crónicas debilitantes. Esta revisión integradora tiene como objetivo analizar la evidencia científica actual sobre los mecanismos moleculares implicados en la patogénesis y la progresión hacia la cronicidad de la enfermedad, con especial énfasis en la interacción del virus con las vías de autofagia y la regulación ejercida por los ARN no codificantes. Se realizó una búsqueda exhaustiva en las bases de datos PubMed/MEDLINE, Scopus y SciELO, seleccionando artículos originales y de revisión publicados en los últimos diez años, priorizando los de los últimos cinco. El análisis revela que el CHIKV manipula la maquinaria autofágica para favorecer su replicación y evadir la respuesta inmune innata. Simultáneamente, se identifica un perfil distintivo de microARN y ARN largos no codificantes en pacientes con formas agudas y crónicas, los cuales regulan procesos inflamatorios, apoptosis y la respuesta antiviral. La interconexión entre estas vías sugiere la existencia de redes reguladoras complejas que determinan el desenlace clínico. Se concluye que la autofagia y los ARN no codificantes representan ejes centrales en la fisiopatología del chikungunya. Su estudio profundo no solo esclarece los mecanismos de la persistencia sintomática, sino que también abre perspectivas para el desarrollo de biomarcadores pronósticos y estrategias terapéuticas innovadoras dirigidas a modular estas vías, lo cual es de especial relevancia para el contexto epidemiológico cubano.